Jest czasem niekomfortowe, zwłaszcza dla dzieci. Drobnym niedogodnościom mogą towarzyszyć jednak znacznie poważniejsze komplikacje. Najczęściej jest to próchnica lub białe plamy na zębach, pojawiające się w skutek odwapnienia. Noszenie aparatu, zwłaszcza stałego, wymaga szczególnej dbałości o higienę jamy ustnej. Pacjenci powinni zostać o tym uprzedzeni, by nie przysparzać sobie dodatkowych problemów z uzębieniem. Dużym rozczarowaniem może okazać się także brak pozytywnych wyników długotrwałego leczenia lub pojawienie się nowej wady zgryzu – przykry efekt niewystarczającej wiedzy lekarza prowadzącego.

Groźniejszym następstwem leczenia ortodontycznego może być skrócenie lub całkowity zanik korzeni przemieszczanych zębów, co może prowadzić do ich całkowitej utraty. Jeśli tzw. siły ortodontyczne, korygujące położenie zębów, działają na nie za długo lub zbyt mocno, w miejscach ucisku uszkadzane są twarde tkanki korzenia. Prowadzi to nie tylko do ich zaniku, ale przyczynia się także do powstania stanu zapalnego, czemu towarzyszą ból, obrzęk i zaczerwienienie. Równie groźne są recesje dziąseł, występujące zarówno w trakcie leczenia, jak i po nim. Wówczas powierzchnia korzenia zęba zostaje obnażona, przez co staje się nadmiernie wrażliwa i narażona na próchnicę. Dodatkowo mogą pękać brzegi dziąseł, co jest bolesne i wygląda nieestetycznie. Innymi komplikacjami leczenia ortodontycznego są podrażnienia błony śluzowej jamy ustnej i towarzyszące im zmiany patologiczne dziąseł, a także reakcje alergiczne na materiały użyte do wyrobu aparatu. Przeważnie występują podczas używania aparatu ruchomego, a towarzyszyć im mogą zmiany pochodzenia grzybiczego obejmujące miejsca, w których aparat styka się z wnętrzem jamy ustnej. Czyli policzki, podniebienie i język. Opisane zmiany jeszcze się nasilają, jeśli pacjent zaniedba dokładną higienę jamy ustnej, o czym ortodonta powinien przypominać podczas każdej wizyty kontrolnej.

Komplikacje w leczeniu ortodontycznym nie powinny zniechęcać do jego podejmowania. Warto jednak wcześniej je poznać i wiedzieć, jak zapobiegać im na przyszłość.